Theo đánh giá của KTNN, nhìn chung, hoạt động kinh doanh của ngân hàng thương mại và công ty bảo hiểm đảm bảo các chỉ tiêu an toàn trong hoạt động. Có tới 10/11 tổ chức tài chính, ngân hàng được kiểm toán kinh doanh có lãi, song hoạt động của các tổ chức tài chính, ngân hàng tiếp tục đối mặt với nhiều khó khăn, thách thức và còn tồn tại nhiều sai phạm trong công tác quản lý.
Báo cáo của KTNN chỉ rõ, CTCK Ngân hàng Nông nghiệp (Agriseco) đã thực hiện lệnh mua chứng khoán cho khách hàng khi tài khoản của khách hàng không đủ tiền, hay CTCK MHB (MHBS) vi phạm các quy định trong hoạt động kinh doanh chứng khoán, dẫn đến nợ tồn đọng nhiều, khó có khả năng thu hồi (số tiền khách hàng nợ tiền mua chứng khoán là 282,72 tỷ đồng; cho vay mua chứng khoán thông qua hợp đồng hợp tác đầu tư 53,16 tỷ đồng, thông qua hợp đồng uỷ thác đầu tư 70,4 tỷ đồng), kinh doanh thua lỗ không có nguồn để trả trái phiếu đến hạn 400 tỷ đồng; không quản lý tách bạch tiền và chứng khoán của nhà đầu tư và của CTCK, gia hạn hợp đồng mua bán lại chứng khoán có kỳ hạn không đúng hướng dẫn của Ủy ban Chứng khoán Nhà nước...
Kết quả kiểm toán của KTNN cũng cho thấy, nhiều công ty bảo hiểm còn chưa tuân thủ đúng các quy định nhà nước trong hoạt động quản lý và kinh doanh như quản lý ấn chỉ chưa chặt chẽ, trích thừa/thiếu các quỹ dự phòng bảo hiểm, chưa quy định mức chế tài trong trường hợp khách hàng thông báo tai nạn bằng văn bản muộn so với quy định...
Cụ thể, CTCP Bảo hiểm Ngân hàng BIDV (BIC) và CTCP Bảo hiểm Ngân hàng Công Thương Việt Nam (VBI) bị mất tín chỉ bảo hiểm. Ngoài ra, VBI trích thiếu dự phòng phí bảo hiểm gốc và nhận tái bảo hiểm 3,3 tỷ đồng; thiếu dự phòng phí nhượng tái bảo hiểm 2,3 tỷ đồng. Cả VBI và Bảo hiểm Ngân hàng Nông nghiệp (ABIC) đều chưa quy định chế tài theo yêu cầu khi khách hàng chậm thông báo cụ thể trường hợp tai nạn bằng văn bản so với quy định.
KTNN cũng chỉ ra một số đơn vị sai phạm trong quản lý tiền mặt, tiền gửi. Cụ thể, 8 đơn vị trực thuộc của Ngân hàng Chính sách Xã hội, 2 đơn vị thuộc BIDV, 4 đơn vị thuộc Vietcombank, 1 đơn vị thuộc ABIC có tồn quỹ tiền mặt tại một số thời điểm cao hơn so với quy định nội bộ. Hay CTCK MHB dùng tiền gửi ký quỹ của nhà đầu tư để gửi tiền có kỳ hạn tại các ngân hàng.
Một số tổ chức có tỷ lệ nợ phải thu khó đòi cao, cụ thể, tỷ lệ nợ phải thu khó đòi trên tổng nợ phải thu bảo hiểm gốc của BIC là 21,9%, VBI là 26,57%. Một số khoản phải thu tồn đọng từ nhiều năm chưa có biện pháp thu hồi và xử lý dứt điểm, đơn cử như MHBS có khoản cho khách hàng nợ, vay để mua chứng khoán không đúng quy định trên 400 tỷ đồng từ năm 2010.
Không chỉ có vậy, báo cáo của KTNN còn chỉ rõ việc quản lý thiếu chặt chẽ, đầu tư không hiệu quả của một số đơn vị khiến nhiều dự án đầu tư xây dựng phải tạm dừng; một số khoản đầu tư, góp vốn hiệu quả thấp, suy giảm giá trị. Cụ thể trong số này có các khoản đầu tư của VCB đầu tư vào Công ty TNHH Bảo hiểm Nhân thọ Vietcombank - Cardif trị giá 270 tỷ đồng với tỷ suất sinh lời năm 2014 đạt 2,5%; Ngân hàng TMCP Sài Gòn Công Thương 123,45 tỷ đồng, tỷ suất sinh lời năm 2014 đạt 3,76%; Công ty Cổ phần Tài chính Xi măng 70,95 tỷ đồng, tỷ lệ lợi nhuận trên vốn đầu tư là 2,79%. BIDV đầu tư vào 6 công ty liên doanh 3.359 tỷ đồng, tỷ lệ cổ tức được chia năm 2014 là 2,9%.
Các khoản đầu tư được KTNN đánh giá đầu tư thiếu hiệu quả bị suy giảm giá trị thuộc về hầu hết các ông lớn ngân hàng như BIDV đầu tư vào chứng khoán vốn sẵn sàng để bán 611 tỷ đồng, giá trị suy giảm 34%; Vietinbank đầu tư vào cổ phiếu Công ty cổ phần Gang thép Thái Nguyên 101 tỷ đồng, giá trị suy giảm 69,3%; Công ty cổ phần Cao Su Phước Hòa 22,29 tỷ đồng, giá trị suy giảm 51,9%; Công ty Xi măng Hà Tiên 1 là 21,74 tỷ đồng, giá trị suy giảm 33,7%; BIC đầu tư vào cổ phiếu CTCP Phát triển Đông Dương Xanh 26,09 tỷ đồng từ năm 2009, nhưng phải trích dự phòng giảm giá đầu tư tại 31/12/2014 là 16,55 tỷ đồng.